Οι ρίζες της δημιουργίας του Δημοτικού Βρεφοκομείου ξεκινούν από την επιθυμία και το κληροδότημα του ομογενή ευεργέτη Αντωνίου Νινή, ο οποίος περί το έτος 1840 θέλησε να δημιουργηθεί ένα φορέα περίθαλψης απροστάτευτων βρεφών στην πατρίδα του τη Θεσσαλονίκη.
Το Βρεφοκομείο λειτούργησε στο πλαίσιο της Ελληνικής ορθόδοξης Κοινότητας της Θεσσαλονίκης έως το έτος 1912, στη συνέχεια εντάχθηκε ως «αυτοτελές και ανεξάρτητο κοινοτικό κατάστημα» στο Ελληνικό κράτος, ενώ από το 1938 τη συντήρηση του ανέλαβε εξ ολοκλήρου ο Δήμος Θεσσαλονίκης. Τη συγκεκριμένη χρονική στιγμή μεταλλάσσεται ουσιαστικά ο φιλανθρωπικός χαρακτήρας του σε προνοιακό θεσμό της τοπικής αυτοδιοίκησης.