Οι ρίζες της δημιουργίας του Δημοτικού Βρεφοκομείου ξεκινούν από την επιθυμία και το κληροδότημα του ομογενή ευεργέτη Αντωνίου Νινή, ο οποίος περί το έτος 1840 θέλησε να δημιουργηθεί ένας φορέας περίθαλψης απροστάτευτων βρεφών στην πατρίδα του τη Θεσσαλονίκη.

Το Βρεφοκομείο λειτούργησε στο πλαίσιο της Ελληνικής ορθόδοξης Κοινότητας της Θεσσαλονίκης έως το έτος 1912, στη συνέχεια εντάχθηκε ως «αυτοτελές και ανεξάρτητο κοινοτικό κατάστημα» στο Ελληνικό κράτος, ενώ από το 1938 τη συντήρηση του ανέλαβε εξ ολοκλήρου ο Δήμος Θεσσαλονίκης. Τη συγκεκριμένη χρονική στιγμή μεταλλάσσεται ουσιαστικά ο φιλανθρωπικός χαρακτήρας του σε προνοιακό θεσμό της τοπικής αυτοδιοίκησης.

Στα χρόνια που ακολουθούν το Δημοτικό Βρεφοκομείο δέχεται τον αντίκτυπο των γεγονότων που διαδραματίζονται στη χώρα και την πόλη, ενώ «σταθμοί» στην εξέλιξη του αποτελούν η κατάργηση της «βρεφοδόχου» (1973), η λειτουργία του Βρεφονηπιακού Σταθμού (1982), η δημιουργία Υπηρεσίας Αναζήτησης Ριζών (1996) και η ένταξη του σε χρηματοδοτούμενα Ευρωπαϊκά προγράμματα (2013).